modified submodule options in some git calls

Il merge proposto dovrebbe risolvere il problema dei progetti con submodules. Attualmente la compilazione di un progetto nato con i submodule non annidati non ha funzionato quando ho fatto il primo tag annotato.

Ho fatto dei test parziali estraendo le parti del codice python che fanno il clone e checkout dei progetti git e sono andati bene. Manca un prova sul sistema inau completo in condizioni reali.